Настройка в меню Обмен с 1С - Настройки - Мульти-сайт

1. Загружать на все сайты.
2. Разделение по метке в адресе.

В режиме Загружать на все сайты выгрузка цен происходит на все сайты, в соответствии с настройками распределения цен по сайтам.
Создание и выгрузка категорий происходит в root категорию сайта По умолчанию.

В режиме Разделение по метке в адресе в url вставляется параметр указывающий на какой сайт нужно сделать выгрузку.

Например: site.ru/cml2/index/index/website/1/ - данные выгрузятся на сайт с Id 1.

Цены будут выгружены на сайт с указанным Id, а так же на сайт Default.
Категории будут созданы в root категории указанного сайта.

Сайт Default - технический сайт с Id 0, если у вас несколько сайтов, но для какого-то цена не назначена или не выгружается, то цена для товаров этого сайта будет браться из Default, в связи с этим настоятельно рекомендуется назначить на Default тип цены который существует, выгружается и является основным.

Если у вас несколько сайтов и на них одинаковые цены на товары, то можно назначить только цену на сайт Default. Именно она будет показываться на всех сайтах магазина.

Меню Система - Управление магазинами - Зайти в сайт - Взять Id из адреса.